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Clôture du programme FREDON-CE « communautés bactériennes et déclin des populations de campagnol terrestre »

26 septembre 2019

Le programme quinquennal de recherche sur le déclin des populations de campagnol terrestre a été clôturé jeudi 19 septembre à Chrono-environnement avec les financeurs et mardi 24 à la chambre d’agriculture de Valdahon avec les agriculteurs engagés en contrat de lutte.

Poussé par la profession agricole, notamment la FREDON à l’initiative de son président de l’époque, Fabrice Cuenot, il avait démarré en juillet 2014 (voir l’article : L’élevage parie sur la recherche). Il avait pour but de comprendre l’évolution des communautés de bactéries potentiellement pathogènes pour les campagnols pendant la phase de déclin de leurs populations. Coordonné par Patrick Giraudoux (CE) avec l’appui de Geoffroy Couval (FREDON), ce programme avait permis d’engager en doctorat, puis en post-doc Petra Villette, doctorante originaire du Canada. Elle fut la cheville ouvrière des recherches conduites, co-dirigées par Eve Afonso (CE) et Jean-François Cosson (INRA), et appuyée sur le terrain par Aurélien Levret (FREDON) et des dizaines de bénévoles et permanents de la FREDON et Chrono-environnement.

Les principaux résultats sont les suivants :

  • La richesse individuelle en « espèces » de bactéries est plus élevée pendant les déclins, leur condition corporelle est moins bonne et la reproduction est (peut-être) diminuée.
  • La richesse spécifique bactérienne ne présente pas de variations claires pendant les déclins à l’échelle de la population
  • La richesse non détectée de la méta-population commence à décliner après la phase de pic de densité des campagnols
  • Les espèces de bactéries résiduelles en phase de basse densité étaient déjà présentes partout et sur toute la période d’étude, et certaines sont associés les unes aux autres
  • L’étude comparative d’échantillons qui avaient été collectés 10 avant pendant une phase de déclin par l’équipe de Nathalie Charbonnel (INRA), a de plus montré que les communautés bactériennes n’étaient pas les mêmes à l’époque, que celles observées pendant le programme.

L’ensemble de ces résultats pourrait permettre de développer de nouveaux indicateurs biologiques permettant de prévoir les phases de déclin, un point important en terme d’application.

Ce programme a bénéficié d’un soutien majeur du Ministère de l’agriculture, de la Région Franche-Comté, d’Annie Genevard, députée du Doubs, de la Chambre interdépartementale d’agriculture du Doubs et du Territoire de Belfort, de la Chambre d’agriculture du Jura, du Crédit Agricole de Franche-Comté et du laboratoire Chrono-environnement.

Pour en savoir plus :

Contacts :
Patrick Giraudoux
Geoffroy Couval