ZAAJ

Careli : le blog

Patrick Giraudoux — 2023-09-28T13:41:22Z

Présentation à l'occasion du comité de pilotage du 27 novembre 2025


pdf de la présentation

Résultats concernant l'impact du statut du renard "ESOD/chassable" versus "protégé"

28 août 2025

Pépin, D., Feuvrier, P., Powolny, T., Giraudoux, P., 2025a. Investigating the effects of red fox management on poultry beyond the controversy, Jura Massif, France. Sci Rep 15, 26238. https://doi.org/10.1038/s41598-025-08500-6
Pépin, D., Feuvrier, P., Powolny, T., Giraudoux, P., 2025b. Au-delà de la controverse, étude des effets de la gestion du renard roux sur les volailles dans le massif du Jura, France. https://hal.science/hal-05224145

VIDÉO 2 de 12'20" : 22 octobre 2024

Embarqués avec les scientifiques et les techniciens, nous arpentons les territoires de la carte géographique au terrain. Le véhicule de FREDON devient un espace d'échange, de questionnements et de transmission. Les paysages cartographiés s'incarnent et défilent à travers les fenêtres du véhicule. C'est l'occasion de vivre de l'intérieur la science en train de se faire.

VIDÉO 1 de 15'23" : 28 septembre 2023

À travers les paysages du massif du Jura, les partenaires retracent l'épopée du consortium Careli au cœur des différents suivis. La question de la gestion adaptative y est évoquée.

Docteur Renard/Mister Goupil : le jeu

18 janvier 2024

« Docteur Renard, Mister Goupil » est un jeu de cartes créé par le groupe de travail portant le programme de recherche Careli.

Les partenaires réunis autour de Careli ont créé ce jeu et l'ont fait imprimer en quelques exemplaires pour le besoin de différentes animations permettant de présenter le programme de recherche.

Si vous souhaitez vous aussi jouer, ou rejouer, à ce jeu, nous mettons à disposition deux fichiers PDF pour imprimer votre propre jeu.


Livret


Cartes

En quelques parties, vous pourrez ainsi découvrir les détails qui se cachent derrière ce projet.

Les règles du jeu sont les suivantes (elles sont rappelées sur une carte de jeu) :

Tous les joueurs jouent en même temps.
Au début d'un tour, une carte est révélée (retournée).
Une seconde carte est ensuite à son tour révélée.
Le plus rapide à identifier le symbole commun aux deux cartes en le nommant à voix haute prend la 1re carte révélée, qui comptera pour un point.
Vous pouvez alors regarder à quoi correspond le symbole identifié en vous référant au livret fourni avec le jeu. Chaque symbole vous donnera un angle du travail mené par le groupe Careli.
Une nouvelle carte est révélée et ainsi de suite jusqu'à épuisement des cartes.

À la fin de la partie, le joueur avec le plus de cartes est déclaré gagnant.

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Careli

Patrick Giraudoux — 2019-12-15T18:29:10Z

Quels sont les effets éventuels de la « protection » d'une population de renards comparés à son classement comme « chassable et susceptible d'occasionner des dégâts (ESOD) » ? Telle est la question à laquelle cherche à répondre le programme décennal Careli, initié par un consortium regroupant le monde de l'agriculture [1], de la chasse [2], des naturalistes [3], et de la santé, avec l'appui de chercheurs de l'université de Franche-Comté [4].

Vidéo de présentation du programme Careli

Contexte et objectifs

Le renard est une espèce dont les populations trouvent leur place dans de nombreux socio-écosystèmes caractérisés par leur complexité. En 2018, dans le département du Doubs, la proposition de classement du renard dans la liste des espèces susceptibles d'occasionner des dégâts a suscité de vives polémiques, les parties prenantes arguant, à propos des différentes composantes du socio-écosystème régional, d'effets négatifs de l'espèce (par exemple prédation sur le gibier comme le lièvre ou sur des espèces patrimoniales, dégâts aux poulaillers, etc.) ou positifs (consommation de campagnols prairiaux posant problème aux agriculteurs, etc.).

Lors des débats de la formation spécialisée de la Commission départementale de la chasse et de la faune sauvage (CDCFS), ses membres (agriculteurs, chasseurs, naturalistes...), au lieu de rester stérilement sur leurs positions, et actant du besoin de mesurer objectivement les effets d'une prise de décision réglementaire, se sont appuyés sur les chercheurs pour proposer collectivement un dispositif de recherche-action baptisé Careli (pour CAmpagnol REnard LIèvre) visant, au terme de l'étude, la mise en place d'une gestion adaptative du renard.

Dans un premier temps, il s'agit de comparer les effets d'une différence de statut (espèce « protégée » comparée à « chassable et inscrite dans la liste des organismes susceptibles d'occasionner des dégâts ») sur :

les populations de renards
les populations de campagnols prairiaux
les populations de lièvre
la contamination du milieu par l'échinocoque alvéolaire et les bactéries du genre Borrelia, causes de la maladie de Lyme
les dégâts aux élevages avicoles (poulaillers,…)
d'autres espèces et événements mesurables (espèces d'oiseaux nicheuses au sol, dégâts dans les exploitations agricoles,…)

Ce dispositif pilote de surveillance concertée vise, à terme, non seulement à apporter un certain nombre de réponses objectives à des questions débattues en CDCFS, mais surtout à la création d'outils d'aide à la décision qui pourraient être adaptés à chaque socio-écosystème au niveau national en fonction des contextes locaux. Il vise également à poser les bases et les modalités d'une concertation réelle et apaisée entre les acteurs concernés par la gestion de systèmes complexes, multifonctionnels et multiacteurs, y compris pour d'autres espèces que le renard, dans le contexte actuel d'effondrement de la biodiversité [5].

Modalités

Où et quand ?

Le campagnol terrestre est une source importante de nourriture pour les carnivores dans le Haut-Doubs. Ses cycles démographiques étant de 5-6 ans, il est indispensable que l'étude puisse se poursuivre sur plus d'un cycle, c'est à dire au minimum une dizaine d'années, et sur des étendues très larges incluant chacune une population de renard suffisante.

Á partir de 2020, deux zones situées respectivement à une altitude de 500-700 m (région de Valdahon – Vercel) et 850-1000 m d'altitude (val de Mouthe), seront divisées chacune en deux :

une sous-zone « renard protégé de fait »
une sous-zone « renard ESOD ».

L'ensemble correspond à 4 unités cynégétiques de la FDC25 [6].

Pour chaque sous-zone, pendant 10 ans (incluant un cycle démographique complet du campagnol terrestre), les suivis listés ci-après seront réalisés afin de mesurer les effets des deux types de gestion.

Aspects réglementaires

Le renard ne peut être réglementairement protégé dans les zones requises, comme le sont par exemple le chat sauvage et le lynx (il s'agit, pour ces espèces, d'une liste nationale), mais le préfet du département a le pouvoir de retirer le renard des espèces chassables et des espèces SOD, ce qui revient à une « protection de fait ». C'est cette option réglementaire que le préfet du Doubs a accepté de mettre en œuvre dans le cadre du programme Careli.

Mesures effectuées

Mesure	Organisme en charge
Comptages nocturnes (IKA renard, lièvre, chevreuil, blaireau, chat sauvage, bécasse)	FDC25
Comptages diurnes (rapaces, oiseaux nicheurs, etc.)	LPO Bourgogne Franche-Comté
Transects pour recenser les micromammifères (2 transects par zones)	FREDON Bourgogne Franche-Comté
Suivi de l'échinococcose alvéolaire et évaluation des génotypes individuels de renards (en vue d'estimation de densité de population de renards), analyse de > 30 crottes de renard par zone.	CNR Echinococcoses/Chrono-environnement
Suivi des tiques et de Borrelia sp.	FREDON Bourgogne Franche-Comté, ANSES, CNR Borrelia
Suivi des dommages causés par le renard	FNE25
Suivi des prélèvements des renards par la chasse sur les deux zones concernées.	FDC25
Suivi qualité des données et analyses statistiques.	Chrono-environnement
Suivi socio-anthropologique du programme	Agroécologie-INRA et LASA-UFC
Communication	Consortium Careli

Financement

En 2020, le programme Careli ne pouvait être que partiel, car auto-financé par les organismes qui l'ont mis en place et la Zone atelier Arc jurassien. En 2021 une grande partie des tâches prévues, dont les pilotes, ont pu être réalisées grâce à l'appui complémentaire du Conseil régional de Bourgogne Franche-Comté dans le cadre du CPER 2021/2027, de la Zone Atelier Arc jurassien, de la DRAAF et de la DREAL BFC et du Muséum de la Citadelle. Depuis 2022, le Commissariat à l'aménagement du Massif du Jura s'engage via le FNADT à soutenir le programme sur 5 ans dans le cadre du CPIER 2021/2027 en complément des autres financements. À partir de 2024, l'Agence régionale de santé de Bourgogne Franche-Comté soutient un programme de suivi des populations de tiques et des bactéries causales de la maladie de Lyme.

Contacts

La coordination administrative de Careli est assurée par Geoffroy Couval, FREDON Bourgogne Franche-Comté et Chrono-environnement
Les porte-paroles exclusifs de Careli sont ceux mentionnés en note de bas de page ci-dessous, pour chacune des composantes

Careli : le blog

Pour en savoir plus sur le déroulement du programme...

Voir aussi...

[1] FREDON Bourgogne Franche-Comté & Fédération des syndicats d'exploitants agricoles du Doubs, contact Careli : Geoffroy Couval

[2] Fédération départementale des chasseurs du Doubs, contact Careli : Thibaut Powolny, Directeur scientifique et technique

[3] France Nature Environnement 25-90 & LPO de Bourgogne Franche-Comté, contact Careli : Didier Pépin

[4] Laboratoire Chrono-environnement, contact Careli : Patrick Giraudoux et laboratoire de sociologie et d'anthropologie, contact Careli : Simon Calla

[5] Un travail de ce type a été effectué par un consortium similaire dans la première décade des années 2000 pour la gestion des pullulations de campagnol terrestre. S'appuyant sur les résultats obtenus par la recherche-action dans les années 1990s, il a permis la production d'un corpus de connaissances nouvelles validées scientifiquement appuyant l'action, la réduction drastique d'usage des rodenticides dans la lutte ainsi que de leurs effets non intentionnels, et à fonder la réglementation nationale actuelle portant sur le contrôle des populations de campagnols. Il a également permis le renforcement d'une culture commune à l'ensemble des parties-prenantes, assurant une gestion relativement pacifiée des socio-écosystèmes régionaux (outils d'aide à la décision, etc.). Le dispositif "4P" de la Zone atelier Arc jurassien, créé dès la fin des années 1980s, a été à la racine de ce travail.

[6] respectivement de 223, 127, 205 et 135 km²

Gestion adaptative

Patrick Giraudoux — 2019-12-15T16:42:08Z

Processus structuré et itératif de prise de décision robuste face à l'incertitude, dans le but de réduire l'incertitude de celle-ci au fil du temps via la surveillance du système

Modèle d'impact des prédateurs et du piégeage sur une population de campagnols terrestres

Patrick Giraudoux — 2019-10-22T18:16:46Z

La question de l'impact des prédateurs sur les populations de proies est très difficile à traiter en écologie, car, dans le monde réel, de multiples prédateurs, dont les effectifs (mouvements, reproduction) et les préférences alimentaires varient non linéairement et se combinent, peuvent consommer de multiples proies dont les effectifs varient aussi non linéairement.

But du modèle :

Le modèle ci-dessous, extrêmement simple, permet de percevoir que l'impact majeur de la prédation s'effectue pendant la phase de faible densité des populations de campagnols.

Complémentairement, il permet aussi de mesurer l'impact du piégeage (avec ou sans prédateur) sur la dynamique des populations.

Exemples :

En changeants les paramètres (curseurs), on peut constater facilement que l'impact de la prédation est très important à basse densité, mais extrêmement faible à forte densité de campagnols. Pour un démonstration, voir la vidéo de la page 'Un suivi de 20 ans des prédateurs dans la ZELAC…'

On peut également importer un calendrier de piégeage des campagnols sous forme de fichier texte, délimité par des tabulations [1], avec deux colonnes, la première donnant le jour de piégage (compris entre 2 et 360 - les numéros du jour dans l'année comptés à partir du 1^er mars, début de la saison de reproduction ; 2 = 2 mars, 360 = 360^ème jour après le 1er mars), et la deuxième le nombre total de campagnols piégés chaque jour. Le fichier ci-dessous contient 3 fichiers d'exemples, et un fichier de mise à zéro. Une fois téléchargé et dézippé, vous pouvez importer chacun des tableaux avec le bouton "Browse".


Exemples de tableau de piégeage (à dézipper)

Le modèle (cliquez sur l'image) :

Le système est simplifié ainsi :

l'effectif de prédateurs est constant ;
la réponse fonctionnelle est de type Holling II (pour faire court, la variation de la proportion de campagnols dans le régime sature à 100% avec de fortes densités de campagnols) ;

le taux intrinsèque de croissance de la population de campagnols (r₀) fait qu'une femelle de campagnol produit, par l'emboîtement des générations, potentiellement 100 campagnols (50 femelles) pendant une saison de reproduction ;
la croissance est logistique, et la capacité biotique est fixée au nombre maximum de campagnols que le milieu peut supporter ;
la saison de reproduction commence au 1^er mars et dure 8 mois, ensuite pendant 4 mois la reproduction s'arrête (aucune autre mortalité autre que celle due à la prédation et le piégeage n'est prise en compte pendant cette période).

Mises en garde :

attention à l'échelle de l'axe des y, elle varie pour optimiser la présentation, en maximisant la distance apparente entre les valeurs minimales et maximales de y ; quand la densité initiale est proche de K, de petites différences apparaissent alors très amplifiées graphiquement (mais seulement graphiquement).
prise en compte du piégeage seul : il suffit de mettre la densité de prédateurs ou leur consommation journalière à zéro.
attention aux résultats obtenus par ce type de modèle quand la densité initiale de campagnols dépasse K ; là, à cause de la croissance logistique, le taux d'accroissement de la population devient négatif, et le modèle n'est donc plus pertinent (le déclin est alors intrinsèque, même sans prédateur). Ici, la valeur d'entrée est automatiquement corrigée pour que la valeur de densité initiale ne puisse pas dépasser K.

Contact et code :

[1] Dans Excel, "Enregistrer sous...", puis sélectionner l'option "Texte (séparateur : tabulation) (*.txt)"

Les crues des cours d'eau : bénéfice ou nuisance ?

Patrick Giraudoux — 2016-05-02T09:13:15Z

Le contexte

Lors des crues, les rivières débordent dans leur plaine d'inondation, et entrainent la mise en charge des nappes et leur affleurement dans les plaines alluviales. Bénéfique, cette reconnexion temporaire permet la dispersion des organismes, mais elle devient problématique, quand elle favorise la dispersion des espèces pathogènes ou invasives. Cette reconnexion est source de biomasse pour le cours d'eau, hétérotrophe, qui dépend donc de l'extérieur pour ses ressources nutritives. Elle offre des opportunités de déplacement des organismes (poissons, invertébrés) dans les annexes hydrauliques, autotrophes, qui produisent donc sa biomasse de manière autonome, leur permettant de s'y reproduire et de s'y nourrir.

Bénéfique, cette reconnexion peut également, grâce à l'action érosive du courant, ralentir les processus de comblement des annexes hydrauliques, et favoriser ainsi les espèces rudérales, souvent patrimoniales. Elle peut ainsi empêcher le comblement et maintenir les tourbières alcalines de fond de vallée, emblématiques des rivières karstiques. Cette reconnexion peut également, si l'action érosive du courant est insuffisante, entraîner les dépôts d'alluvions fluviatiles, souvent riches en phosphore, et entrainer le comblement, et l'eutrophisation accélérée des zones humides.

Les recherches en cours

Le travail de doctorat de Quentin Cuenot, vise à déterminer la réponse à long-terme des milieux alluviaux à ces processus physiques et chimiques, en réalisant une analyse rétrospective de la dynamique de ces zones humides, en intégrant leur régime thermique et leurs ressources nutritionnelles. Ce projet permettra de mesurer le degré d'altération de ces milieux suite à la régulation et l'incision des grands cours d'eau, en combinaison avec l'intensification des pratiques agricoles, et l'utilisation de la fertilisation azotée et phosphorée.

Il intègre dans cette analyse les facteurs géomorphologiques ( qui contrôlent les processus d'érosion dépôt), les facteurs anthropiques (pratiques agricoles sur les bassins versants (qui contrôlent en partie les apports d'azote et de phosphore), et les facteurs hydrogéologiques (qui contrôlent en partie la température et les ressources nutritives des végétaux).

Contacts :
Gudrun Bornette
Quentin Cuenot
Chrono-environnement

Cadre de vie en milieu urbain

Patrick Giraudoux — 2016-02-11T05:32:43Z

Contexte et objectif

Ce dispositif vise à étudier les déterminants de la qualité du cadre de vie en milieu périurbain, en lien avec les dynamiques urbaines et leurs impacts en termes d'usage des sols.

La recherche d'un cadre de vie agréable associé à une moindre pression foncière contribue depuis environ 50 ans à l'extension spatiale des villes. A l'interface entre ville et campagne, le milieu périurbain offre en principe un certain nombre d'aménités (paysage, calme, espaces récréatifs) qui lui donnent une bonne attractivité résidentielle. Cependant, au fur et à mesure de l'étalement urbain, ces aménités peuvent être remises en cause par la densification du bâti et des infrastructures de transport mais aussi par les mutations agricoles. Il s'agit donc de mieux connaître les liens entre la perception et le vécu des résidents du milieu périurbain et les caractéristiques de leur cadre de vie, et parallèlement d'étudier la capacité des outils de modélisation spatiale à fournir des indicateurs de qualité du cadre de vie pouvant s'intégrer dans une démarche prospective en aménagement urbain.

Problématique

A partir de données acquises sur le terrain (enquêtes, relevés, capteurs) et de données numériques (modélisation de l'occupation du sol, du relief, du bruit), il s'agit tout d'abord de répondre à des questions touchant à l'interaction entre les habitants et leur cadre de vie :

Quel est le rôle du paysage sur la satisfaction résidentielle des habitants ?
Comment les dimensions visibles et sonores se combinent-elles pour former un paysage multi-sensoriel ? Ces deux dimensions sont-elles cumulatives ?
De quelle façon les changements paysagers induits par la densification du bâti et des infrastructures de transport affectent-ils la perception du cadre de vie et la satisfaction résidentielle ?
Existe-t-il des formes urbaines qui permettent de maintenir la qualité du cadre de vie ?
De quelle façon les composantes paysagères du cadre de vie influencent-elles le bien-être des individus ?

Ces investigations donnent également lieu à des questionnements méthodologiques portant sur la capacité des outils de modélisation spatiale à fournir des indicateurs utiles pour l'aménagement et la planification :

Peut-on modéliser la qualité paysagère à partir de métriques de visibilité issues de données numériques ?
La modélisation du bruit environnemental (bruit routier, ferroviaire…) permet-elle de définir des indicateurs pertinents du paysage sonore ?
Peut-on définir un indicateur multi-sensoriel du paysage ? Comment utiliser un tel indicateur dans des approches de prospective territoriale ?
Comment caractériser l'environnement d'une résidence à partir de métriques de visibilité et d'indicateurs sonores ?

Localisation et temporalité

Le site d'étude principal est la zone périurbaine située à l'Ouest de la ville de Besançon, comprenant 10 communes des Avants-Monts jurassiens, entre les vallées du Doubs et de l'Ognon. Cette zone a fait l'objet d'enquêtes en 2009 et en 2014. Elle est également renseignée par des cartes d'occupation du sol à haute résolution spatiale pour les dates de 1956, 1984, 2000, 2010, et de cartes résultant de modélisation à la fois du paysage visible et du bruit issu des réseaux de transport.


Localisation de la zones d'étude

Partenariat

Ce dispositif s'appuie en 2016 sur un projet PEPS « Paysage » soutenu par l'InEE.

Coordinateur : Jean-Christophe Foltête

Voir aussi...

VoleVege : campagnols prairiaux et biodiversité végétale

Patrick Giraudoux — 2015-12-25T08:57:47Z

Les populations de campagnols prairiaux, Campagnol terrestre et Campagnol des champs, connaissent des pullulations interannuelles cycliques qui ont des conséquences négatives à court terme sur la production fourragère.

De nombreuses recherches ont été entreprises pour comprendre le déterminisme de ces pullulations et pour limiter leur intensité (par le travail du sol, la rotation fauche-pâture, etc.). Cependant, les conséquences de ces pullulations sur les communautés végétales des prairies, des mesures préventives préconisées pour les enrayer (labour, piétinement par le bétail, etc.) et curatives pour compenser les dégâts (par exemple, pour limiter les pertes de fourrage après une pullulation, les éleveurs pratiquent fréquemment le sursemis) n'ont été que très peu étudiées. En particulier, les effets positifs éventuels de ces perturbations récurrentes sur la biodiversité et le fonctionnement à moyen terme de l'écosystème prairial ont été jusqu'ici ignorés.

Le programme VoleVege se propose, en collaboration avec Patrick Giraudoux, Geoffroy Couval et les agriculteurs concernés, d'évaluer l'impact à court et à moyen terme des perturbations dues aux pullulations de campagnols terrestres et aux pratiques agricoles visant à les contrôler, sur la composition, la diversité (taxonomique, fonctionnelle) et la productivité des communautés végétales, selon deux méthodes complémentaires :

étude comparative synchronique : comparaison de la végétation de parcelles différant par l'intensité et la nature des mesures de lutte contre les campagnols dans les zones de suivi des populations (transects CLAC et/ou ZELAC) ;

étude diachronique : mise en place d'un suivi annuel de la végétation (placettes permanentes) dans une sélection de parcelles subissant ou pas des pullulations cycliques, et soumises à différentes pratiques préventives et curatives.

L'étude préliminaire de 2015 a consisté

à recenser les parcelles de prairie traversées ou proches des transects de la CLAC dans la région de Charquemont (Premier Plateau du Doubs)

à évaluer une méthode d'échantillonnage pour le suivi de la végétation dans trois parcelles-test.


Grille de 25 cellules utilisée pour le relevé des quadrats dans chaque parcelle.

Ces parcelles ont été choisies pour représenter la variation des conditions de gestion (niveau de lutte contre le campagnol, intensité des pratiques agricoles, type d'exploitation) dans un territoire restreint (entre 865 et 880 m d'altitude). Le protocole consiste à dresser la liste des espèces de plantes vasculaires observées sur une bande de 50 m x 1 m (50 m2) disposée au centre de la parcelle, en estimant leur recouvrement absolu selon le code de dominance de Braun-Blanquet. Quatre quadrats de 50 cm x 50 cm (0,25 m2) sont disposés régulièrement le long de cette bande pour des mesures plus précises de la fréquence des espèces sur une grille de 25 cellules de 1 dm2.

Les conditions climatiques particulières de 2015 ont fortement limité les possibilités pour les relevés floristiques, effectués début août après une période de sécheresse ayant empêché la repousse de l'herbe après la première coupe. Les relevés ont été saisis dans la base de données Phytobase et géoréférencés dans un SIG.

L'expérience de cette étude préliminaire révèle une faisabilité limitée du protocole un mois environ après la première coupe, en raison des difficultés de reconnaissance des Poacées si la repousse est entravée, augmentant considérablement le temps nécessaire pour les mesures fréquentielles (jusqu'à 1 h par quadrat). Pour un suivi efficace, il sera préférable d'échantillonner la végétation juste avant la première coupe.

La comparaison des données des trois parcelles-test fournit toutefois des résultats préliminaires instructifs et encourageants. Le niveau de lutte ne semble pas avoir une influence prépondérante sur la composition, la diversité et l'état de conservation des communautés végétales étudiées, les trois prairies étant pauvres en espèces et quasiment dépourvues des espèces mésotrophiles caractéristiques des prairies de fauche de montagne. Les espèces préférentielles du pâturage représentent entre 60 et 70 % du recouvrement cumulé dans ces prairies fauchées, les autres espèces étant plutôt liées aux prairies de fauche intensives de plaine.


Partitionnement additif de la richesse floristique de trois parcelles de prairie. La diversité $$\gamma$$ est la somme de la diversité $$\alpha$$ moyenne (barres vertes) et de la diversité $$\beta$$ (barres jaunes).

Ce constat est à mettre en relation avec la tendance avérée d'une banalisation de la flore prairiale liée à l'intensification des pratiques agricoles à l'échelle régionale (généralisation de l'alternance fauche-pâture, fertilisation importante). Les indices de défoliation, de fertilité azotée et la valeur pastorale sont élevés et ne diffèrent pas significativement dans les trois prairies. La diversité spécifique à l'échelle fine du quadrat varie faiblement selon la parcelle, surtout en considérant les espèces dominantes (diversité de Shannon ou de Simpson). La richesse spécifique représente moins d'un tiers de la richesse de chaque parcelle.

Voir aussi :
Biodiversité des prairies
Rongeurs - prédateurs

Contact : François Gillet, Chrono-environnement

Mésanges urbaines et forestières, premiers résultats...

Patrick Giraudoux — 2015-12-22T17:27:15Z

Plus de la moitié de la population humaine vit désormais en ville. Les habitats urbains ont rapidement été colonisés par certaines espèces d'oiseaux capables de s'acclimater, voire de s'adapter, à ce nouvel environnement.

Dans ce contexte d'écologie urbaine, les laboratoires Biogéosciences et Chrono-environnement de l'Université de Bourgogne Franche-Comté étudient depuis 2012 des populations urbaines et forestières de Mésanges bleues (Cyanistes caeruleus) et charbonnières (Parus major).

Environ 600 nichoirs ont été répartis dans 2 villes (Besançon et Dijon) et dans 2 forêts proches (la forêt de Chaux et la forêt des Crochères). Les sites franc-comtois sont des dispositifs d'observation de la Zone atelier Arc jurassien. La reproduction des oiseaux a été suivie pendant au moins 2 années consécutives.

Chez les mésanges charbonnières, en ville :

les femelles pondent moins d'œufs
la survie et la condition corporelle des jeunes sont inférieures
le taux d'échec complet des nichées est plus important

Cet effet est observé de 2012 à 2014 inclus en Bourgogne alors qu'il est plus variable en Franche-Comté. En Franche-Comté :

en 2012, le nombre d'œufs pondus ne varie pas entre ville et forêt
le taux d'échec complet des nichées ne diffère pas
la survie des jeunes est plus faible en ville en 2012 seulement
la condition corporelle et la croissance des poussins sont réduites en habitat urbain en Franche-Comté qu'en 2013

Les résultats sur les mésanges bleues sont relativement similaires excepté le taux d'échec complet des nichées qui ne diffère pas significativement entre populations urbaines et forestières. Les mécanismes sous-jacents aux effets négatifs de l'urbanisation et aux différences observées entre Dijon et Besançon feront l'objet d'autres articles.

Contacts :
Renaud Scheifler, Chrono-environnement
Bruno Faivre, Biogéosciences
Juliette Bailly, Biogéosciences

Pour en savoir plus :

Bailly J., Scheifler R., Berthe S., Clément-Demange V.-A., Leblond M., Pasteur B., Faivre B. 2015. From eggs to fledging : negative impact of urban habitat on reproduction in two tit species. Journal of Ornithology, doi:10.1007/s10336-015-1293-3.

Remplissages sédimentaires du lac de Chalain

Patrick Giraudoux — 2015-12-01T10:29:04Z

La rive ouest du lac de Chalain (Jura) a révélé plus d'une vingtaine de villages palafittiques datés du Néolithique moyen à la fin de l'Âge du Bronze, soit entre environ 3800 et 800 avant J.-C. Les fouilles effectuées au début des années 2000 ont démontré leur richesse exceptionnelle et ont abouti à un nombre très important de résultats largement publiés. Ces sites ont depuis été classés au patrimoine de l'UNESCO. De très nombreuses approches paléoenvironnementales y ont été faites, sur les sites et sur les zones littorales proches : sédimentologie, palynologie, macro-restes végétaux, archéozoologie,…

Ces dernières années, il a été démontré que l'analyse multi-proxy du remplissage sédimentaire des zones profondes des lacs - donc à l'écart des perturbations anthropiques directes, des vagues et battements de nappe -, offrait une plus grande fiabilité. De plus, nous avons développé à Chrono-environnement un savoir-faire (sur le terrain et en laboratoire) pour choisir, prélever et traiter ces sédiments.

Dans la perspective d'une étude paléolimnologique et paléoenvironnementale couvrant la période Holocène, une prospection sismique et des forages ont été entrepris sur le lac.

En juin 2015, 17 420 m de profils sismiques ont été réalisés depuis une embarcation légère afin de reconnaître la structure stratigraphique du remplissage sédimentaire, perturbé par de vastes glissements lors de l'abaissement artificiel du plan d'eau en 1904. Cette prospection acoustique réalisée en collaboration avec l'université de Genève, au moyen d'un sub-bottom profiler Knudsen multifréquences, a permis d'identifier deux secteurs non affectés par les glissements sous-lacustres et d'implanter deux points de forage.

Les forages ont été réalisés en octobre 2015 au moyen de la plateforme UWITEC du laboratoire Chrono-environnement. Le forage 1 a permis l'extraction d'une séquence de 13,5 m de longueur sous 30,5 m d'eau, dans la zone est du lac. Le forage 2, réalisé à proximité immédiate des sites archéologiques (zone ouest), correspond à une séquence de 7,50 m de longueur prélevée sous 11 m d'eau. L'ouverture des carottes et les premières analyses seront effectuées cet hiver.

Forage 1, zone profonde : 46°40'10.20"N / 5°48'13.80"E
Forage 2, zone littorale : 46°40'28.50"N / 5°46'51.00"E

Contacts :

Hervé Richard
Vincent Bichet
UMR Chrono-environnement

Détection de Saprolegnia parasitica

Patrick Giraudoux — 2015-04-09T15:36:39Z

La dégradation de la qualité des eaux de la Loue a induit une augmentation des mortalités piscicoles ces dernières années. Ces mortalités anormales seraient dues en partie à l'oomycète Saprolegnia parasitica. Ce pathogène opportuniste colonise les sujets présentant un état physiologique médiocre et provoque des “mycoses” cutanées.

La présence de S. parasitica dans la Loue suscite également la question de sa présence dans les eaux de consommation (station de potabilisation de Chenecey-Buillon), sans qu'aucun lien avec la santé n'ait été décrit à ce jour.

Un système de quantification spécifique par qPCR a été développé et validé en laboratoire. Il a été utilisé de janvier 2015 à mai 2015, sur des prélèvements d'eau hebdomadaires récoltés sur 6 stations de mesures sur la Loue, pour suivre les concentrations de S. parasitica.

En parallèle des prélèvements par baiting (dispositifs contenant des graines de chanvre pour appâter l'oomycète) ont également été réalisés.

Les quantités de S. parasitica détectées allaient de 0.3 zoospores à 674 zoospores / litre d'eau filtré et étaient inversement reliées à la température de l'eau et au débit. Des quantités plus fortes ont globalement été détectées à l'aval de la station de pompage de Chenecey-Buillon. Des prélèvements ponctuels ont été réalisés sur les eaux de consommations mais devront être mis en place lors de la réouverture de la station de pompage, actuellement en travaux.


Localisation des stations

Contact : Steffi Rocchi
Chrono-environment, Université de Franche-Comté